晉江市疾病預(yù)防控制中心是2005年4月經(jīng)晉江市人民政府批準(zhǔn)設(shè)立的公益性的事業(yè)單位，前身為晉江市衛(wèi)生防疫站，位于晉江市青陽(yáng)街道洪宅垵社區(qū)120號(hào)。
主要承擔(dān)傳染病、寄生蟲(chóng)病和地方病、慢性非傳染性疾病等的預(yù)防與控制；突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急處置；疫情及健康相關(guān)因素信息管理；職業(yè)危害因素控制、食源性疾病預(yù)防與控制及公共營(yíng)養(yǎng)；實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)與評(píng)價(jià)；健康教育與健康促進(jìn)；技術(shù)指導(dǎo)與應(yīng)用研究等。
中心人員編制92人，設(shè)有3個(gè)職能科室和10個(gè)業(yè)務(wù)科室，現(xiàn)有人員104人；其中在編員工84人，大專(zhuān)以上學(xué)歷78人，各類(lèi)專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員77人，其中職稱(chēng)8人，中級(jí)職稱(chēng)25人，。  
占地面積11483平方米，建有衛(wèi)生檢測(cè)大樓和實(shí)驗(yàn)綜合大樓各一幢，總建筑面積20041.6平方米，其中實(shí)驗(yàn)室面積7500平方米。擁有液相色譜儀、氣質(zhì)聯(lián)用儀、原子吸收分光光度計(jì)、離子色譜儀、原子熒光分光光度計(jì)、實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀、全自動(dòng)微生物鑒定系統(tǒng)、酶標(biāo)儀、全自動(dòng)生化分析儀、全自動(dòng)血液分析儀、流式細(xì)胞儀、全自動(dòng)蛋白印跡儀、熒光顯微鏡、P2實(shí)驗(yàn)室、100級(jí)潔凈實(shí)驗(yàn)室、PCR實(shí)驗(yàn)室、培養(yǎng)箱、干燥箱、馬弗爐等重要儀器設(shè)備。現(xiàn)已掌握13類(lèi)395項(xiàng)檢測(cè)技術(shù)，基本達(dá)到衛(wèi)計(jì)委、國(guó)家發(fā)改委規(guī)定的縣級(jí)疾控機(jī)構(gòu)檢測(cè)能力要求。于1998年通過(guò)實(shí)驗(yàn)室資質(zhì)認(rèn)證（計(jì)量認(rèn)證），2012年通過(guò)食品檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)資質(zhì)認(rèn)定；具備HIV抗體初篩實(shí)驗(yàn)室、HIV抗體確證實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家鹽碘實(shí)驗(yàn)室等資格。